ДНҚ-ның ҚҰРЫЛЫМДЫҚ ҚАСИЕТІНІҢ НЕГІЗІНДЕ E.COLI ПРОМОУТЕРЛІ АЙМАҒЫНЫҢ КЛАССИФИКАЦИЯ ӘДІСТЕРІН САЛЫСТЫРУ

Биологиядағы маңызды мәселелердің бірі – промоутер аймақтарын дұрыс анықтау. Есептеу әдісі мотивті іздеу негізінде дәстүрлі тәсіл ретінде қолданылған. Зерттеу көркесеткендей, бос энергия, ДНҚ қисықтығы стресспен туындайтын дуплекс дестабилизациясы (SIDD) секілді ДНҚ-ның құрылымдық қасиеті, промоторлар классификациясына қажет. Бұл мақалада промоторлар классификациясының тиімділігі үшін осы құрылымдарға салыстыру жүргізілді. ДНҚ – ның құрылымдық қасиетіне негізделген, промоторлар классификациясына шешім ағашын қолдану барсында, SIDD бос энергия мен ДНҚ қисықтығына қарағанда шамалы жақсарғанын көрсетті, сондай-ақ сәйкесінше f-score 70,9%,67,1% және
61,5% болды.

1. Gerald Z. Hertz, Gary D. Stormo. “Escherichia coli promoter sequences: analysis and prediction”; Methods in Enzymology, Volume 273, Pages 30-42, 1996.

2. Araceli M. Huerta, Julio Collado-Vides. “Sigma 70 promoters in Escherichia coli: specific transcription in dense regions of overlapping promoter-like signals”. Journal of Molecular Biology, Volume 333, Issue 2, Pages 261-278, October 2003.

3. Czuee Morey, Sushmita Mookherjee, Ganesan Rajasekaran, Manju Bansal. “DNA Free Energy-Based Promoter Prediction and Comparative Analysis of Arabidopsis and Rice Genomes”. Plant Physiology, Volume 156, Issue 3, Pages 1300-1315, April 2011.

4. Charles Bland, Abigail S. Newsome, Aleksandra Markovets. “Promoter prediction in E. coli based on SIDD profiles and Artificial Neural Networks”. BMC Bioinformatics, Volume 11, Supplement 6, October 2010.

5. Huiqan Wang, Craig J. Benham. “Promoter prediction and annotation of microbial genomes based on DNA sequence and structural responses to superhelical stress". BMC Bioinformatics, 7: 248, May 2006.

6. Aditi Kanhere, Manju Bansal. “A novel method for prokaryotic promoter prediction based on DNA stability”. BMC Bioinformatics, 6:1, January 2005.

7. Aditi Kanhere, Manju Bansal. “Structural properties of promoters: similarities and differences between prokaryotes and eukaryotes”. Nucleic Acids Research, Volume 33, Issue 10, Pages 3165-3175, June 2005.

8. Limor Kozobay-Avraham, Sergey Hosid, Alexander Bolshoy. “Involvement of DNA curvature in intergenic regions of prokaryotes”. Nucleic Acids Research, Volume 34, Issue 8, Pages 2316–2327, May 2006.

9. Huiqan Wang, Michiel Noordewier, Craig J. Benham. “Stress-induced DNA duplex destabilization (SIDD) in the E. coli genome: SIDD sites are closely associated with promoters”. Genome Research, Volume 14, Issue 8, Pages 1575-1584, August 2004.

10. RequlonDB [http://regulondb.ccg.unam.mx]

11. John SantaLucia Jr. “A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics”. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Volume 95, Number 4, Pages 1460-1465, February 1998.

12. E.S. Shpigelman, E.N. Trifonov, A. Bolshoy. “Curvature: software for the analysis of curved DNA”. Computer Applications in the Biosciences, Volume 9, Issue 4, Pages 435-440, August 1993.

13. Curvature [http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/dnacurve/]

14. Weka [http://www.cs.waikato.ac.nz]